Науково-організаційний відділл є основним координуючим органом з планування та проведення наукової та науково-технічної діяльності в академії.
Відділ був створений у складі НЦВМ у 1993 році з моменту ведення в дію штату ВМВ при НМУ ім. О.О. Богомольця. Його очолювали: полковник м/с Сіренко Ю.Г. (1993-1994), к.мед.н.; полковник м/с Скалецький Ю.М. (1996-1997), к.мед.н.; полковник м/с Ніколайчук О.П. (1994-1996, 1998); підполковник м/с Левченко Ф.М. (1998-1999), к.н. з держ. упр.; полковник м/с Рум’янцев Ю.В. (1999), к.мед.н.; майор м/с Іванов С.В. (2000-2003), к.мед.н.; підполковник м/с Охонько О.В. (2004-2006), к.мед.н.; підполковник м/с Власенко О.М. (2006-2013), к.мед.н.; підполковник м/с Козак Н.Д (2013-2017) к.мед.н. З 2017 року та по т.ч. відділення очолює к.фарм.н., підполковник м/с Бєлозьорова О.В.
Сьогодні у відділі працюють наукові співробітники:
Основні завдання відділу:
Академія видає щоквартально науково-практичний журнал МО України "Український журнал військової медицини" та 2 рази на рік збірник наукових праць УВМА "Проблеми військової охорони здоров’я" (зі спеціальної тематики), які внесені до Переліку наукових фахових видань.
Протягом 1993-2021 років шляхом здобуття наукового ступеня були підготовлені та захищені 64 кандидатських і 32 докторських дисертацій, захист дисертацій відбувається у спеціалізованій вченій раді академії. Вчене звання професор присвоєно 23 особам, доцента - 25 особам, старшого наукового співробітника - 6 особам.
За період 1996-2021 рр. ДДІВ України видано співробітникам академії понад 100 патентів та свідоцтв про реєстрацію авторського права на твір, більше 200 свідоцтв на рацпропозиції.
Академія має міжнародні зв’язки в галузі військової медицини з 31 країною світу, працює у рамках програми «Партнерство заради миру», НПП та слухачі з 2007 року традиційно беруть активну участь у міжнародних військово-медичних навчаннях.