Вчена рада Академії є колегіальним органом управління, який утворюється строком на п'ять років.

До складу Вченої ради Академії входять за посадами:

• начальник Академії
• заступники начальника Академії
• начальники факультетів
• начальник Науково-дослідного інституту проблем військової медицини
• керівники фінансово-економічного органу, бібліотеки та секретаріату Вченої ради
• голова загальних зборів (конференції) трудового колективу
• голова загальних зборів слухачів, ад'юнктів, докторантів
• голова профспілкової організації Академії.

До складу Вченої ради Академії також входять:

• виборні представники, які представляють наукових, науково-педагогічних працівників та обираються з числа начальників (завідувачів) кафедр, професорів, докторів наук, докторів філософії (кандидатів наук)
• виборні представники, які представляють інші категорії військовослужбовців та працівників постійного складу
• виборні представники з числа ад'юнктів, докторантів, слухачів.

При цьому не менш як 75 відсотків складу Вченої ради Академії повинні становити наукові, науково-педагогічні працівники та не менш як 10 відсотків - виборні представники з числа слухачів, ад'юнктів, докторантів Академії відповідно до Статуту Академії.

Виборні представники з числа постійного складу Академії обираються до складу Вченої ради Академії на загальних зборах (конференції) трудового колективу Академії за поданням структурних підрозділів, у яких вони проходять службу (працюють) по три представники від кожного, та по одному від підрозділів управління та підрозділів забезпечення, виборні представники з числа ад'юнктів, докторантів та слухачів по одному представнику від докторантури, ад'юнктури та факультетів Академії шляхом прямих таємних виборів.

Зміни у складі Вченої ради можуть відбуватися також шляхом кооптації (за рішенням Вченої ради без проведення додаткових виборів з метою заміщення виведеного члена).

Головою Вченої ради академії визначено доктора медичних наук, професора Савицького Валерія Леонідовича