Вчена рада Академії є колегіальним органом управління, який утворюється строком на п’ять років.

До складу Вченої ради Академії входять за посадами:

• начальник Академії
• заступники начальника Академії
• начальники факультетів
• начальник Науково-дослідного інституту проблем військової медицини
• керівники фінансово-економічного органу, бібліотеки та секретаріату Вченої ради
• голова загальних зборів (конференції) трудового колективу
• голова загальних зборів слухачів, ад’юнктів, докторантів
• голова профспілкової організації Академії.

До складу Вченої ради Академії також входять:

• виборні представники, які представляють наукових, науково-педагогічних працівників та обираються з числа начальників (завідувачів) кафедр, професорів, докторів наук, докторів філософії (кандидатів наук)
• виборні представники, які представляють інші категорії військовослужбовців та працівників постійного складу
• виборні представники з числа ад’юнктів, докторантів, слухачів.

При цьому не менш як 75 відсотків складу Вченої ради Академії повинні становити наукові, науково-педагогічні працівники та не менш як 10 відсотків - виборні представники з числа слухачів, ад’юнктів, докторантів Академії відповідно до Статуту Академії.

Виборні представники з числа постійного складу Академії обираються до складу Вченої ради Академії на загальних зборах (конференції) трудового колективу Академії за поданням структурних підрозділів, у яких вони проходять службу (працюють) по три представники від кожного, та по одному від підрозділів управління та підрозділів забезпечення, виборні представники з числа ад’юнктів, докторантів та слухачів по одному представнику від докторантури, ад’юнктури та факультетів Академії шляхом прямих таємних виборів.

Зміни у складі Вченої ради можуть відбуватися також шляхом кооптації (за рішенням Вченої ради без проведення додаткових виборів з метою заміщення виведеного члена).

На підставі рішення Атестаційної колегії Міністерства освіти і науки України від 18 грудня 2018 року № 1412 створено спеціалізовану вчену раду СРД 26.717.01 (з терміном дії – 2 роки) з правом прийняття до розгляду та проведення захистів дисертацій на здобуття наукового ступеня доктора (кандидата) медичних наук за спеціальностями 14.02.03 – “Соціальна медицина” та 14.02.01 – “Гігієна та професійна патологія з грифом секретності “таємно”.

Рішенням Атестаційної колегії Міністерства освіти і науки України від 23 квітня 2019 року затвердженого наказом від 07.05.2019 № 612

Головою спеціалізованої вченої ради призначено доктора медичних наук, професора Савицького Валерія Леонідовича, спеціальність 14.02.03.

Заступником голови спеціалізованої вченої ради призначено доктора медичних наук, професора Рум’янцева Юрія Володимировича , спеціальність 14.02.03.

Вченим секретарем спеціалізованої вченої ради призначено доктора медичних наук, професора Устінову Людмилу Анатоліївну, спеціальність 14.02.01.

Спеціалізованою Радою за 2015-2019 роки проведено 36 засідань та захищено 11 докторських та 14 кандидатських дисертацій.